Ghisonaccia est situé au sud de la plaine orientale corse, dans le bassin inférieur du fleuve Fiumorbo, qui borde la commune sur environ quinze kilomètres. Si on excepte une petite zone élevée au nord-ouest, la quasi-totalité de la commune est à moins de 100 mètres d'altitude, ce qui est exceptionnel en Corse. Le relief, légèrement modelé, s'incline du nord-ouest vers le sud-est. Le chef-lieu, qui regroupe la majorité de la population de la commune, est situé au sud de la commune, à la jonction de la route nationale Bastia - Bonifacio et de la route départementale 344 Ghisonaccia - Ghisoni. Bien que le chef-lieu du canton soit Ghisoni, situé à 25 kilomètres dans l'intérieur, c'est ici que se trouvent la quasi-totalité des commerces et services : deux supermarchés (trois en été), la gendarmerie, les pompiers, un centre administratif départemental, plusieurs médecins, deux pharmacies, une dizaine de bars, hôtels et restaurants, et une trentaine de commerces. Au nord-est de la commune se trouve l'étang d'Urbino, une lagune de 750 hectares, la plus importante de la plaine orientale et la seconde de Corse après l'étang de Biguglia ; il communique avec la mer par une passe de 10 mètres de large, et on y pratique la conchyliculture et l'ostréiculture. Au sud de l'étang d'Urbino s'étend le domaine de Pinia, une zone marécageuse, dont la frange littorale est boisée, classée réserve naturelle, et gérée par le conservatoire du littoral. Plus au sud, entre la plage de Vignale et l'embouchure du Fiumorbo, le bord de mer est occupé par quelques petites installations touristiques. Le nord-ouest de la commune est agricole, partiellement occupé par des vignobles. Deux hameaux jalonnent la route de Ghisoni : * Ghisonaccia-gare (a Gara en corse) : à cinq kilomètres du chef-lieu, là où fut installé en 1880 le terminus provisoire du chemin de fer de la côte orientale, quelques maisons peinent à avoir une vie de village autonome ; un bar, un jeu de boules, une fromagerie industrielle Tous les ans , pour redonner vie à ce lieu de rencontres et de commerce, le dernier week end de Novembre se déroulent les rencontres du savoir faire insulaire qui réunissent de nombreux artisans: "I Scontri di u Sapè fa" * Saint-Antoine (Sant' Antone ou San Anto en corse), quatre kilomètres plus loin, au débouché des gorges du Fiumorbo ; on y trouve une importante cave coopérative vinicole.

L'église de Ghisonaccia, moderne, est remarquable par sa décoration intérieure d'inspiration byzantine (fresques de N. Giannakakis, 1980-83), notamment sur toute la voûte de la nef. La plage de Vignale, immense plage de sable fin auprès de laquelle se sont progressivement installées des « marinas », qui abritent en saison une population équivalente à celle du reste de la commune. Le domaine de Pinia, vaste étendue partiellement marécageuse située entre le bourg de Ghisonaccai et la mer au nord de la route de la mer, est une zone de nature protégée, propriété du conservatoire du littoral. On y accède, à pied ou en véhicule tout-terrain, depuis Vignale. L'étang d'Urbino, la plus grand de la plaine orientale et le second de l'île par son étendue, n'est malheureusement accessible que par une route en cul de sac aboutissant à un restaurant. Les amateurs de nature peuvent parvenir au « grau » de communication entre l'étang et la mer en marchant le long de la plage de sable qui borde le domaine de Pinia sur environ 5 kilomètres depuis Vignale. L'aérodrome d'Alzitone, peu fréquenté, est le siège d'une fête aérienne annuelle.